李成谋认为，这艘战舰应该归南洋所有，这可以有效增强南洋水师的实力。
两方争执不下，官司直接打到内阁那里。
最终内阁定调，“巴雅”号可以留在南洋，因为这艘船还没修好，如果归北洋所有，需要一口气拖到上海的江南船厂去，这实在太麻烦也太危险了。
不过这样一来，北洋什么都拿不到，未免太不公允，所以朝廷认为，广东豪商们捐赠的钱应该交由海军衙门统一分配——按照北洋6成，南洋3成，船政1成的比例。
这也算是给北洋水师的补贴。
按照这样分配比例，北洋将获得159万两捐款，差不多刚好够买一艘装甲舰。
南洋79万5千两，船政26万5千两。
这样的分配让各方面都感到满意。
所以，到战争正式结束的时候，大明三大水师的舰船情况是这样的：
北洋水师8舰：
定远级：“定远”、“镇远”
7350吨，节，305炮2×2+150炮1×2
济远级：“济远”、“沧远”
2300吨，15节，210炮2×1+150炮1×1
超武级：“康济”、“泰安”
1300吨，12节，120炮1×10
湄云级：“湄云”
540吨，10节，160磅炮1×2
艺新级：“操江”
640吨，10节，160磅炮1×2
……
船政水师5舰：
福靖级：“福靖”、“福宁”
1350吨，15节，150炮1×3+120炮1×4
伏波级：“伏波”、“琛航”
1250吨，10节，120炮1×8
精灵级：“精灵”（未改名直接服役）
650吨，12节，140炮1×2+100炮1×2
……
南洋水师11舰：
巴雅级：“大捷”（巴雅改名）
6900吨，14节，240炮1×4+190炮1×2+140炮1×6
开济级：“开济”、“寰泰”、“南瑞”、“南琛”、“境明”、“保民”
2200吨，15节，210炮1×2+120炮1×7
超武级：“登瀛洲”、“海境”
1300吨，12节，120炮1×10
湄云级：“镇涛”
540吨，10节，160磅炮1×2
艺新级：“测海”
640吨，10节，160磅炮1×2
……
战争中大明损失了很多舰船，但也算优胜劣汰了，损失的大部分舰船都是老舰，这反而让剩下的舰队显得更加精干。
而且战争锻炼了人员，让大明有了一大批经历过严酷实战考验的海军官兵，这是更加宝贵的财富。
作为甲申战争的余波，大明战前准备的战争经费（包括已经到手的贷款）实际上是3600万两，去掉战争中已经花去的部分，实际还剩下750万两。
朝廷没有把这笔钱挪做他用的意思，直接当做军费投入到海陆两军之中。
其中陆军拿走400万两，以此编制两个新的改良师——一个师以冯子才萃军为基础改编，回国后驻扎广西，光兴皇帝御笔赐名“镇南”师。
另一个师以刘永福的黑旗军为主改编，名号保留，“黑旗”师，驻扎地在新成立的安南行省。
海军得到了350万两，这笔钱光兴皇帝做主，没有分给三个舰队，而是直接拿出去购买英德新舰——按照私下里的协议，大明应该拿出3345万两从英德两国进行官方采购。
这笔钱就当是第一笔采购费用了。
这350万两，正好够从英德两国各购买两艘新式巡洋舰。
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